Os portos de Setúbal e Sesimbra inserem-se em áreas de elevada sensibilidade ecológica, constituídas por sapais e outras zonas de grande valor ambiental. A manutenção do valor ecológico destas áreas contribui não apenas para a manutenção do elevado valor paisagístico da zona, mas também para a reposição dos stocks de espécies de interesse comercial e para a manutenção da biodiversidade, sendo uma prioridade em todas as ações dos portos de Setúbal e de Sesimbra, no âmbito da respetiva política de sustentabilidade e proteção do ambiente.
