O objetivo é contribuir para oceanos mais limpos, evitando a eventual descarga indevida de resíduos no mar pelos navios e encontra-se entre as melhores práticas dos portos verdes preocupados com as questões da sustentabilidade e proteção do ambiente, estando também enquadrada nas políticas mais avançadas nacionais e europeias nestas matérias. O porto de Setúbal já está integrado no Projeto Green Award, desde 2005, privilegiando navios com elevados padrões de segurança e eficiência ambiental.
Os portos de Setúbal e Sesimbra inserem-se em áreas de «elevada sensibilidade ecológica». Uma percentagem significativa da área sob jurisdição portuária é constituída por sapais e outras zonas de grande valor ambiental e de biodiversidade, que são protegidas e dedicadas à Conservação da Natureza.
A manutenção do valor ecológico destas áreas contribui não apenas para a manutenção do elevado valor paisagístico da zona, mas também para a reposição dos stocks de espécies de interesse comercial e para a manutenção da biodiversidade, sendo uma prioridade em todas as ações dos portos de Setúbal e de Sesimbra, no âmbito da respetiva política de sustentabilidade e proteção do ambiente.
