Os Portos de Setúbal e Sesimbra estão enquadrados em áreas ambientalmente sensíveis, com um valor inestimável para a conservação da natureza como o Parque Natural da Arrábida, a Reserva Natural do Estuário do Sado e a Rede Natura 2000. Grande parte da área sob jurisdição portuária é constituída por sapais e vegetação de elevado valor ecológico. A manutenção destas áreas contribui para a sustentabilidade do elevado valor ambiental da zona, bem como, para a reposição das espécies de interesse comercial e de toda a biodiversidade.
«O aumento da família de golfinhos do Sado é particularmente gratificante para o Porto de Setúbal, já que constitui uma das provas de que vem sendo garantida de forma sustentável a preservação do habitat daqueles que são os maiores ícones do rio e da cidade», diz a entidade.